生物制藥凍干機的工作原理是生物制品在SFD冷凍真空干燥機進行預凍結晶，然后真空環境下升華干燥過程，整個過程需生物制品冷凍干燥機在嚴格的控制下運行，其中冷凍干燥機包括箱體、制冷系統、加熱系統、真空系統、循環系統和控制系統組成，通過冷凍干燥機配合成熟的工藝配方進行生物制藥的凍干處理。
生物制藥凍干機根據各個生物制品的特性要求，配合相應的凍干工藝技術處理，使制品物理結構不變，化學結構變化很小，生物制品保持原有的固體結構和形態，在升華干燥過程中，固體冰晶升華成水蒸氣后在制品中留下孔隙，形成*的海綿狀多孔性結構，具有理想的速溶性和近乎*的復水性。因為生物制藥凍干機工作原理是冷凍真空干燥過程在極低的溫度和高真空的條件下進行的干燥加工，所以生物制品的熱變性小，可以最大限度地保證制品的生物活性。
生物制品在SFD凍干機系統升華過程中溫度控制在較低溫度狀態下，因而對于那些不耐1%熱者，比如酶、激素、蛋白、核酸、抗生素、血液和免疫制品等熱敏性生物制品和生物組織的干燥尤為適宜。通過冷凍干燥能排除去97%~99%以上的水分，有利于生物物質的長期保存。生物制品干燥過程是在真空條件下進行的，故不易氧化。由于部分生物制品有特殊的化學、物理、生物不穩定性，各大生物企業通過生物制藥凍干機工作原理，把生物制品冷凍干燥機凍干技術廣泛應用于生物制品加工。
